2005-2009年本实验室承担973、863、国家攻关、国家自然科学基金和院重大（重点）等项目共计206项，合同经费32125.85万元。

实验室主持国家重大基础研究前期研究专项项目2项，973课题3项，专题11项。主持国家科技部863前沿探索类项目2项，863课题6项。国家科技基础条件平台项目2项。科技部重大国际合作项目1项。科技部基础性工作专项2项。科技部软科学计划1项。国家科技支撑计划课题5项，共计35项。

实验室主持基金委重大项目1项，重点项目1项，国家自然基金重大研究计划重点项目1项，重大国际合作项目1项，杰出青年基金项目4项，面上项目20项，青年基金10项。

实验室主持中科院知识创新工程重大项目1项，创新团队国际合作伙伴计划项目1项，重要方向性项目6项，创新三期建设1项，院重大科研装备研制项目1项。

2005-2009年，实验室在国内外学术刊物上共发表科学论文615篇，其中SCI论文230篇、EI论文20篇，CSCD论文338篇；共主编专著20部，合作出版专著10部，获专利6项，注册软件著作登记权12项。作为第一主持单位获国家环保部的环境保护科学技术一等奖1项（2008年）。