1.生态系统综合研究中心
综合研究中心在生态系统网络观测与评估、碳氮水通量观测技术、水-碳-氮循环及其耦合关系、生态信息集成与数据资源管理等方面有较强的研究和管理能力。
综合研究中心组织创建了中国陆地生态通量观测研究网络（ChinaFLUX），是亚洲通量观测网络(AsiaFlux)和国际通量观测研究网络(FLUXNET)的主要成员单位，也是全球碳计划(GCP)北京区域办公室的挂靠单位。
综合研究中心同时也是中国科学院中国生态系统研究网络(CERN)和科技部国家生态系统观测研究网络(CNERN)的综合研究中心，承担着两个网络的运行、能力建设、技术培训、数据管理、数据服务等工作。
综合研究中心是国际长期生态研究网络（ILTER）东亚与太平洋区域网络秘书处的挂靠单位，与ILTER、地球综合观测系统（GEOSS）、全球陆地观测系统(GTOS)等机构保持着密切的合作与交流。
研究方向：
- 生态系统观测、模拟与信息集成关键技术与应用
- 生态系统过程、机理模拟与集成分析
- 生态系统生产力、碳氮水循环关键过程及其耦合机制
- 生态系统对全球变化的响应与适应机制
- 生态系统现状评估与优化管理模式
中心负责人，于贵瑞（主任），于秀波（常务副主任），何洪林（副主任），牛书丽（副主任）。
2.生态系统水分研究中心
生态系统水分研究中心是在原中国生态系统研究网络(CERN)所属水分分中心基础上发展而来。中心针对我国的生态安全与水资源安全需要，从SPAC到区域尺度，利用观测、模型、联网等多种手段研究典型生态系统生态水文过程机理。多年来，中心在涡度相关通量观测、同位素原位连续观测、臭氧通量观测和大尺度通量观测等技术应用，以及定量遥感方法、分布式生态水文模型等研究方法方面做出了开创性的研究成果，在揭示我国东西向半湿润-半干旱-干旱气候带生态系统与水分关系及调控方面取得重要研究进展。中心具备较完备的野外实验观测平台，分别在禹城站、千烟洲站、神木站和塔河下游设置有观测仪器、设施和场地。
研究方向：
负责人，邵明安（主任），袁国富（副主任）。
3.农业生态系统研究中心
农业生态系统研究中心依托中国科学院禹城综合试验站于2014年成立。中国科学院禹城综合试验站位于鲁西北平原和黄河下游引黄灌区；地貌类型为黄河冲积平原河间浅平洼地；属暖温带半湿润季风气候，光热资源丰富，雨热同期，引黄灌溉条件良好，土壤以盐化潮土为主。历史上干旱、渍涝、盐碱、风沙等自然灾害频繁，生态环境脆弱，农业生产水平低下。经过治理，现已成为我国小麦、玉米的高产区。近年，在滨州建立分站，开展中低产田改良研究，形成以禹城和滨州为点，黄河下游至滨海三角洲为面的“两点一面”研究区，在黄淮海平原、环渤海地区具有典型性和代表性。
主要研究方向
以水、土、气、生等自然资源的合理利用和区域可持续发展为目标，通过观测数据的长期积累，开展多尺度的地球表层能量传输和物质运移过程的试验与模型模拟研究；应用地理学、生态学、农学和遥感的理论与方法，研究农业生态系统生态学过程及其生态环境效应，开展农业生态系统管理模式和配套技术的试验示范，为国家的粮食安全和生态环境安全提供科学支撑。
负责人，欧阳竹（主任），李发东（副主任），孙志刚（副主任）。
4.森林生态系统研究中心
森林生态系统研究中心以中国科学院－江西省千烟洲红壤丘陵综合开发试验站（千烟洲站）为依托，开展研究工作。千烟洲站始建于1983年，位于江西省泰和县灌溪镇（115°04'13"E，26°44'48"N），隶属中国科学院地理科学与资源研究所及中国生态系统研究网络（CERN）。千烟洲站区总面积204 ha，海拔多在100 m左右，相对高差20～50 m，主要土壤类型为红壤（富铁土），成土母质多为红色砂岩、砂砾岩，是南方红壤丘陵区的典型代表。站区年均温17.9 ℃, 1月均温6.4 ℃，7月均温28.8 ℃；年均降水量1489 mm，集中在3至6月，属亚热带季风气候。站区地处中亚热带常绿阔叶林区，但原生植被已完全破坏，现主要为人工林，部分为农田。
针对国家生态环境保护建设和区域可持续发展的重大需求，近年来已建立了涵盖原始林（九连山）、次生林（井冈山）、人工恢复林（千烟洲）以及退化生态系统（于都）等生态演替（人为干扰）序列实验基地，形成了“一站四点”的研究网络。
研究方向：
针对当前我国南方森林现状，人工针叶纯林面积大、结构单一、功能低下，森林可持续经营面临的重大挑战，森林生态系统研究中心以生态系统生态学和地下生态学作为两大研究定位，重点开展的研究方向主要有：
- 亚热带森林生态系统碳氮水循环对全球变化的响应；
- 亚热带常绿阔叶林生态系统结构与功能的关系；
- 亚热带森林根系—菌根真菌—土壤系统的结构与功能；
- 亚热带人工林结构优化与服务功能提升。
负责人：郭大立（主任），王辉民（副主任），杨风亭（副主任）。
5.高原生态系统研究中心
高原生态系统研究中心以拉萨高原生态试验站为基础建立，成立于1993年4月，2002年加入中国生态系统研究网络（CERN），2005年加入中国国家野外研究台站网络（CNERN）。经过20余年的发展，拉萨站目前已经形成了3个研究基地、3个垂直样带以及1个研究中心的格局。3个研究基地分别是达孜农田生态系统综合试验基地、藏北（那曲）高寒生态系统观测研究基地、当雄草原通量观测研究基地。3个垂直观测研究样带分别是当雄高寒草甸垂直样带、拉萨灌丛草地垂直样带、以及那曲-阿里草地水平样带，1个中心是依托拉萨站成立的西藏草业工程技术中心。 随着科学研究不断深入及地方需求的加强，拉萨站已经成为所、院乃至全国青藏高原研究平台。负责人，张宪洲（站长），石培礼（副站长），余成群（副站长）。
研究方向和平台：
主要对拉萨站试验区的气象、土壤、植被和水分等生态要素进行长期连续的观测，为开展长期生态学研究提供数据平台。
以生态学理论为指导，重点研究拉萨“一江两河”地区种植业、农区畜牧业以及农牧结合的关键配套技术，通过农牧业的产业结构调整，以点带面，建立有高原特色的农牧业可持续发展的优化模式。
拉萨站位于青藏高原腹地，具有得天独后的的区位优势，是开展青藏高原研究的理想基地，尤其在交通、住宿、人员、仪器、数据和装备等方面，拉萨站可以提供很好的技术支持，为进一步开展青藏高原研究提供了技术支撑和平台。
拉萨站生活设施齐全，仪器设备先进，学科覆盖面广，为来拉萨站开展相关青藏高原的研究人员提供了较为理想的生活和科研条件，拉萨站也为培养青藏高原研究后备人才的基地。
负责人：张扬建（主任），余成群（副主任），石培礼（副主任）。
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