2004-2008年本实验室承担973、863、国家攻关、国家自然科学基金和院重大（重点）等项目共计142项，合同经费28906万元，到室可支配经费14546万元。

实验室主持国家科技部863项目4项，国家科技基础条件平台项目2项，科技攻关项目1项，国家科技支撑计划4项；主持973计划课题3项，参与973项目1项、863项目2项、科技攻关项目2项、国家科技支撑计划7项。

实验室主持基金委重大项目1项，杰出青年基金项目3项，重大国际合作项目1项，重点项目3项，面上项目12项，青年基金7项。

实验室主持中科院知识创新工程重大项目2项，创新团队国际合作伙伴计划项目1项，重要方向性项目3项,院重大科研装备研制项目1项。

已结题项目/课题均顺利通过项目主管部门的验收，正在进行的项目/课题进展顺利。目前实验室还有在研项目75项，经费总额7552万元。

实验室的CERN综合研究中心受中国科学院委托，主持了CERN二期基础设施建设任务（投资规模1.5亿），协调CERN的五个分中心，完成了CERN所属36个台站的基础设施建设、仪器设备采购、安装调试与技术培训等工作。

自2004年以来，实验室作为国家生态系统观测研究网络（CNERN）综合中心，承担了CNERN的筹建与建设，完成了“国家生态系统观测研究台站网络”（投资规模1.96亿）建设项目。通过对台站科技资源的整合，实现了CNERN的制度化、标准化、规范化、信息化、以及开放共享服务。2009年5月顺利通过了科技部、财政部组织的国家科技基础条件平台的CNERN运行可行性评议。

实验室承担了CERN和CNERN观测数据的集成、管理和共享工作，每年负责CERN和CNERN监测数据的收集、整理和质量控制。通过制定长期生态学元数据标准，开发了分布式的数据信息系统，将台站和数据中心的数据实现发布和共享。实验室构建的动态监测数据信息系统为数据服务提供了软件支撑平台。到目前为此，已经为810人次提供了离线服务，服务数据量达到273GB，其中动态监测数据服务量280M；共享系统网站访问人次约18万，下载动态监测数据近1500人次、下载图形数据近1800人次。

实验室为“中美生态系统与环境变化联合中心”和“全球碳计划（GCP）北京办公室”两个国际合作研究机构的挂靠部门，负责相关的国际合作研究工作。

实验室承办了五次大型的国际学术交流会和一次长期生态学（ILTER）年会，并通过定期举办“中国生态大讲堂”、“通量观测技术培训班”、承办CERN年度会议，加强与国内外同行间的交流。

实验室的孙鸿烈院士主持了发改委委托的《退耕还林工程评估与后续政策》的编写。于贵瑞研究员向国家提供了《中科院专家关于加强我国应对全球气候变化科技支撑能力建设的建议》、《中科院专家关于我国参与《京都议定书》第二承诺期温室气体减排行动问题谈判的建议》两份咨询报告，并得到了温家宝总理的批示。于秀波副研究员向国家有关部门提供了《生态系统服务与管理战略》咨询报告，参加了《中国区域发展报告》、《中国可持续发展报告》、《长江保护与发展报告》的编写工作，协调并参加了《推进流域综合管理重建中国生命之河》、《中国流域综合管理战略研究》以及发改委西部办《十二五规划-西部大开发前期研究》等报告的编写。

实验室为科技部主持的我国第一次“野外科技工作会议”提供了《我国野外科技工作60年－回顾与展望》、《国家野外科学观测研究站建设进展》等资料，并协助科技部起草了《国家野外研究台站发展规划》、《全球变化科学研究计划》。

实验室还参与编写了院《至2050年生态与环境领域科技发展路线图战略研究》、协助CERN秘书处编写了《中国生态系统研究网络发展战略规划（2008-2020年）》。

实验室的樊江文研究员参与了“三江源生态保护试验示范”工作，李胜功研究员为《中欧生物多样性与气候变化评估报告》提供了专家咨询服务。

实验室的欧阳竹研究员兼任禹城市副市长、张宪洲研究员兼任西藏自治区农牧厅副厅长、余成群副研究员兼任日喀则科技副专员、汪宏清研究员兼任泰和县科技副县长，他们为当地的生态环境建设提供了大量的科技咨询工作。